华为Mate40Pro处理器是5nm制程麒麟9000 5G SoC芯片，集成多达153亿晶体管，是目前晶体管数最多和功能最完整的5G手机芯片。CPU采用1+3+4的三档能效架构设计，其最高主频可达3.13GHz，并且提供了对于LPDDR5内存规格的支持。GPU方面，麒麟9000搭载24核Mali-G78架构GPU，而麒麟9000E则为22核同架构GPU。此次华为在麒麟9000NPU设计中引入了双大核+微核NPU架构，而麒麟9000E相比之下减少了一个NPU核心，其他规格与麒麟9000保持完全一致。
　　华为Mate40系列还首创四网协同技术，可将Wi-Fi2.4GHz、Wi-Fi5Ghz、主卡5G、副卡4G进行高效融合，在多变的网络条件下带来聚合高网速、稳定低时延，实现网络优选或并发下载。安全方面，麒麟9000芯片是全球首个通过国际CCEAL5+的移动终端芯片，HarmonyOS微内核则获得了商用OS内核最高安全认证等级——国际信息技术安全评估标准CCEAL5+认证，还通过了移动金融芯片和载体认证(国内)、国际FIDO身份验证标准、ePrivacyseal等国际权威安全隐私认证。